Anemia de Fanconi, Parte 2. Estrategia metodológica para el diagnóstico molecular en pacientes con anemia de Fanconi
Fanconi anemia, Part 2. Methodological strategy for molecular diagnosis in patients with Fanconi anemia
Leda Torres,1 Ulises Juárez,1,2 Pedro Reyes,1,2 Sara Frías1,3
1 Laboratorio de Citogenética, Instituto Nacional de Pediatría.
2 Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, Universidad Nacional Autónoma de México.
3 Departamento de Medicina Genómica y Toxicología Ambiental, Instituto de Investigaciones Biomédicas, Universidad Nacional Autónoma de México.
ORCID
0000-0001-8355-5818
0000-0001-6333-5738
0000-0002-3097-6368
Recibido: 23 de junio de 2022
Aceptado: 02 de enero de 2023
Correspondencia
Sara Frías
sarafrias@iibiomedicas.unam.mx
Este artículo debe citarse como: Torres L, Juárez U, Reyes P, Frías S. Anemia de Fanconi, Parte 2. Estrategia metodológica para el diagnóstico molecular en pacientes con anemia de Fanconi. Acta Pediatr Méx 2023; 44 (1): 29-55.
Resumen
La anemia de Fanconi (AF) es una enfermedad rara, se presenta en 1-5/millón de nacidos vivos. A nivel celular presentan inestabilidad cromosómica, que es la base para su diagnóstico y aunque clínicamente son heterogéneos, hay tres características generales: alteraciones del desarrollo físico, pancitopenia y alto riesgo a desarrollar cáncer. Presenta heterogeneidad genética, hasta ahora se han reportado 22 genes responsables de la AF, 20 de estos genes se heredan de manera autosómica recesiva, uno autosómica dominante y uno ligada al X, sin embargo, existen genes por detectar, ya que a pesar de una minuciosa búsqueda, no en todos los pacientes se logra encontrar la variante patogénica responsable. Debido a esta heterogeneidad, el diagnóstico molecular es complicado, por lo que se necesita una estrategia con varias metodologías como el ensayo de amplificación de sondas dependiente de ligandos múltiples (MLPA), secuenciación de nueva generación, ya sea por panel dirigido (16 genes FANC), o por secuenciación del exoma completo, y microarreglos de alta resolución. Con estas metodologías se pueden detectar grandes deleciones o duplicaciones en los genes FANC, alteraciones puntuales y en el número de copias, así como regiones largas con homocigosidad, con el propósito de encontrar alelos homocigotos. En este artículo presentamos una estrategia detallada para realizar la genotipificación de los pacientes AF mexicanos, con un porcentaje de éxito del 80%.
PALABRAS CLAVE: Anemia de Fanconi; Variantes patogénicas; genes FANC; MLPA; Secuenciación de nueva generación; Estrategia de genotipificación.
Abstract
Fanconi anemia (FA) is a rare disease occurring in 1-5/million live births. Patients present chromosomal instability at the cellular level, which is the basis for their diagnosis, and although clinically they are heterogeneous, there are three general characteristics: alterations in physical development, pancytopenia and high risk of cancer development. To date, 22 genes responsible for FA have been reported, 20 of which are inherited in an autosomal recessive pattern, one autosomal dominant and one X-linked; however, there are genes to be detected, since despite a thorough search, the responsible pathogenic variant cannot be found in all patients. Due to this heterogeneity, the molecular diagnosis is complicated, so a strategy with several methodologies, such as multiple ligand-dependent probe amplification assay (MLPA) and next-generation sequencing, either by directed panel (16 FANC genes) or by whole exome sequencing and high-resolution microarrays, is necessary. With these methodologies, it is possible to detect long deletions or duplications in FANC genes, single nucleotide and copy number alterations, and long regions with homozygosity to find homozygous alleles. In this article, we present a detailed strategy for genotyping Mexican FA patients, with a success rate of 80%.
KEYWORDS: Fanconi anemia; Pathogenic variants; FANC genes; MLPA; Next generation sequencing; Genotyping strategy.